Le applet hanno "pesanti" restrizioni riguardo cosa possono fare sulla macchina locale (a meno di firma digitale). Quindi sarebbe tutto da valutare nel tuo caso.
P.S.: poi comunque una applet ha un "ciclo di vita" ben differente dalle applicazioni "desktop" standalone. Innanzitutto non parte dal main(). Generalmente se si vuole creare una applicazione che funzioni sia come applet sia come applicazione desktop, la cosa "furba" che si può fare è racchiudere tutta la interfaccia utente in un JPanel e poi a quel punto metterlo in un JFrame o in un applet .... diventa abbastanza banale.
Insomma, la cosa va studiata .... NON basta piazzare un extends Applet da qualche parte .....