Un'idea può essere quella di usare un framework open source, realizzando un'applicazione molto semplice.
Lavorandoci imparerai altri dettagli visto che un framework basato su MVC ti "costringe" a sua volta a lavorare secondo MVC.
In quest'ottica ti consiglio CodeIgniter, è relativamente semplice da usare ed ha già qualche esempio base scaricabile dal sito.

Quanto invece al tuo progetto, guardando la struttura delle tue cartelle, potresti implementare un sistema che ti consenta di chiamare in maniera automatica controller, model e view.
Ad esempio per una url index.php?task=banca
avrai un controller chiamato banca.php, che include automaticamente un model chiamato model/banca.php e che magari carica automaticamente una view in "view/banca/default.php".