Molti servizi di invio mail promozionali forniscono servizi di questo genere; in pratica comunque si può costruire "in casa" facilmente.

In ogni mail invii un URL diverso, tipo http://www.tuosito.com/link?id=123456, dove 123456 è un codice univoco legato alla mail inviata; sul tuo server nel database per ciascuno di questi codici c'è una riga con codice, utente e URL di destinazione. Ogni volta che la pagina viene chiamata, fa il redirect all'indirizzo salvato e si segna che quell'utente ha fatto click a quell'ora.

In ogni caso, tutto questo non mi sembra c'entri molto con la programmazione... o stai cercando consigli su come implementare praticamente una soluzione del genere?