Dipende dalle tua abitudini. PDO ti fornisce un'astrazione per connetterti al database e accedere ai dati, cosa tanto bella, tanto comoda e tanto utile se decidi di migrare da un dbms all'altro.
Anche se, dopo aver imparato come funziona pdo, conviene utilizzare (per i tuoi progetti) una libreria che si chiama dbal (https://github.com/doctrine/dbal) che ti fornisce un ulteriore livello di astrazione. Ma questo è solo consiglio personale che puoi ignorare.
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