Allora se ho capito bene tu adesso hai una partizione unica e vorresti andare sulle due partizioni, una per il so ed una per i dati.

Se è così, crei la seconda partizione (se hai windows puoi usare l'apposita funzione) ed in automatico il so ed i dati rimangono nella prima partizione. Poi formatti la seconda partizione e manualmente sposti in essa tutti i dati dalla prima partizione. Fatto.