Nel db devi salvare ogni risposta di ogni utente, salvando la risposta salverai anche i valori delezionati nei vari campi checkbox, in base a questi dati li ripresenti selezionati, per una data domanda, quando lo script deve inserire un checkbox legge il suo "value" e verifica se tra le risposte a quella domanda c'è quel value, se c'è lo imposti come selezionato, altrimenti no.
Stessa storia per i campi select.