Hai due modi,

o te la fai a mano la distinzione partendo da $argv, oppure usi librerie esterne che già fanno questa cosa. Ad esempio:

- http://symfony.com/doc/current/compo...roduction.html
- https://github.com/pear/Console_CommandLine

che forniscono un'interfaccia più flessibile e configurabile per il parsing dei comandi da shell