uhm... se dici che non c'è una corrispondenza pagina a pagina tra il sito vecchio e quello nuovo, io farei un 301 del vecchio al nuovo (cioè tutte le pagine del vecchio vanno alla home del nuovo) così prendi 2 piccioni con una fava:

1- l'autorità si trasferisce
2- le pagine del vecchio spariscono (perché fanno 301 alla home del nuovo) e non avrai dei contenuti duplicati nel nuovo