Ho risolto, semplicemente ho fatto l'errore stupidissimo di mettere il file fxml fuori dalla cartella "application" e quindi non lo trovava.
Avrei una domanda adesso. In tutta sincerità l'interfaccia, semplicissima, l'ho creata usando Scene Builder e non scrivendo io il codice all'interno del file fxml. Vorrei sapere, questo è permesso quando si lavora in azienda? Cioè, nelle aziende viene utilizzato questo tool oppure si scrive a mano il codice?