E unire codice A con codice B non l'hai considerato?
codice:
function confermaTutti(inputArrayCheckBox){
var conta=0;
if(inputArrayCheckBox.length > 0){
      var arrayCheckBox = inputArrayCheckBox;
    for(var n=0; n<arrayCheckBox.length;n++){
        if(arrayCheckBox[n].checked){
            conta++;
            var id = arrayCheckBox[n].value;
            var campo = "start_ts"; 
            var valore = "start_tsConfTXT" + id;
            inseriscieffettivi(id, campo, document.getElementById(valore).value);
        }else{
            conta--;
        }
    }
      }else{
    if(inputArrayCheckBox[0].checked){
        conta++;
    }else{
        conta--;
      }
    $('#DIVselecctall span').removeClass('checked'); 
    if(conta==0){
        alert('ERRORE!\nDevi selezionare almeno un elemento');
        return false;
    }    
}