Devi scatenare l'alert quando non c'è nessuna checkbox attiva(checked è uguale a false) non quando l'array è vuoto (significa che non c'è neanche un checkbox nella pagina). Il codice proposto da Andrea invece non penso sia corretto. Ti bastava usare il primo codice postato aggiungendo il codice che ti ho suggerito subito dopo la definizione della funzione.