Problema con gli array

[andbin]

public static boolean triple(int[]a){
    for (int i=0; i<a.length; i++)
        if(nAppar(a,i)>=3)
            return true;
    return false;
}//triple

Uhm no, qui dovresti passare a nAppar come secondo parametro (x) il valore di a[i] ... non solo i.

E' l'unico modo per gestire un esercizio del genere?

Con solo for (cicli in generale) sì. Tra l'altro sarebbe un pochino ottimizzabile (la tua scansione annidata parte sempre dall'inizio ... non servirebbe; e il ciclo annidato potrebbe terminare appena trovate k occorrenze, dovrebbe essere parametrabile, ovviamente).

Altrimenti si possono sfruttare le collezioni, in modo specifico una mappa (meglio "hashed", es. HashMap) con associazioni valore -> contatore. Se l'array è molto grande, supera certamente i for annidati.