Avevo dimenticato di specificare che stavo parlando di script lato server.
Il problema di uno script lato client nasce quando fa inviare dal server solo una parte dei contenuti e il resto forse dopo a condizione che l'utente compia un'azione. In questo caso il motore di ricerca non troverebbe tutti i contenuti e ciò farebbe peggiorare il posizionamento, sempre ammesso che sia vero quello che si dice in giro cioè che i motori hanno ormai imparato a interpretare abbastanza bene gli script lato client.