Quello che stai chiedendo non ha alcun senso.
Un programma EXE (un eseguibile per Windows) viene eseguito solo ed esclusivamente dal sistema operativo (Windows). Il tuo programma Java può, al limite, solo mandarlo in esecuzione, ma chi lo esegue è il sistema operativo.

Che succede se l'EXE crea delle finestre? Che succede se l'EXE fa qualche altra operazione con le finestre attualmente attive? Quello che sto dicendo è che tu non hai alcun controllo sull'eseguibile... quindi quello che chiedi non ha alcun senso.

Se ciò che vuoi fare tu è leggere il suo output (ammesso che ne abbia uno) e visualizzarlo all'interno della tua applicazione (in una finestra, nella console, dove ti pare), allora è un discorso diverso: devi sempre eseguirlo con Runtime.exec(), ottenere il Process, da questo devi ottenere l'InputStream (per leggere quello che lui scrive), leggere e fare quel che ti pare con ciò che hai letto.

Nota: se l'eseguibile apre una console, una finestra, un browser o qualunque altra cosa, tu non ci puoi fare nulla.


Ciao.