Io farei così: crei un ArrayList<String> e lo chiami, ad esempio leMieStringhe. Poi fai quello che già stiamo facendo e memorizzi le parole contenute nella singola riga all'interno dell'array S con S = s.split(",") quindi scorri questo array con il solito ciclo for e, anziché stampare (o in aggiunta alla stampa), le aggiungi all'ArrayList leMieStringhe. Al termine leMieStringhe conterrà tutte le tue parole.