credo che dovresti cominciare con un hd per volta. comincia a capire se si tratta di uno dei due dischi.
Poi andrei nel bios a vedere come sono trattati i vari dischi.
Potrebbe essere che vede i dischi in modalita' RAID e quindi non trovi l'abbinamento tra i dischi.

Occhio che la modalita' di emulazione IDE o RAID o AHCI dovrebbe essere impostata PRIMA dell'installazione di windows poiche' queste impostazioni richiedono driver differenti.