Come l'ha scritto lucavizzi devi anche aggiornare la tabella. Purtroppo l'approccio con document.write è sbagliato in quanto non ti consente di rimpiazzare del codice HTML. Ed è proprio di questo di cui hai bisogno.

Prova questo.

codice HTML:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<script language="JavaScript" type="text/javascript">
<!--
var xyz = new Array (0, 2, 4, 6, 8);
function disegna() {
 codiceHTML = '<table>';
 for (i=0;i<xyz.length;i++) {
   temp = "<tr><td>"+xyz[i]+"</td></tr>";
  codiceHTML = codiceHTML + temp;
 }
 codiceHTML = codiceHTML + '</table>';
 document.getElementById('mio_div').innerHTML = codiceHTML;
} // function disegna()
function incrementa() {
 for (i=0;i<xyz.length;i++) {
   xyz[i]++;
 }
 // Ridisegno la tabella
 disegna();
} // function incrementa()
//-->
</script>
</head>
<body>
<div id="mio_div">
<!-- lo JS andrà a scrivere il codice HTML qui -->
</div>
<input type="button" value="Incrementa" onclick="incrementa()" />
<script language="JavaScript" type="text/javascript">
<!--
disegna();
//-->
</script>

</body>
</html>