Non ho mai usato Zend, quindi non ti potrei aiutare.
Da tipo di errore mi era sembrato più da Apache:
Se per caso hai la tua applicatizione in
http://localhost/myapp/
ma poi metti come link
codice:
<a href="/users/index/login">Login</a>
Il browser ti porta su
http://localhost/users/index/login
Invece di

http://localhost/myapp/users/index/login