Non hai specificato alcune cose che sono fondamentali.

1. Quale DTD usi nel file HTML?
In linea di massima, con una DTD strict (compreso HTML5) il comportamento di IE e` (quasi) uguale a quello degli altri browser, con una DTD transitional IE funziona in modo retrocompatibile (in inglese quirks mode) e alcune cose vengono interpretate come faceva IE 4 e sim.

2. Hai provato solo con IE11? E con quale/i versione/i del sistema operativo Windows?
IE da questo punto di vista ha molte facce diverse, e per questo ha anche i commenti condizionali che possono modificare l'interpretazione del CSS in funzione della versione di IE.
(e tieni presente che i simulatori non sono cosi` precisi nell'interpretare tutte le variabili possibili)