Suppongo che hai installato git sul pc (cioè se scrivi git sul prompt dei comandi ti deve rispondere)....
ti posizioni nella cartella root del progetto :
codice:
git init
git remote add origin "L'url che ti viene dato da github quando crei il tuo repository"
git add -A
git commit -m "Questo è un messaggio che verrà riportato insieme alle modifiche fatte"
git push origin
Ti spiego in breve i comandi
1) init -> inizializza un repository git nella cartella in cui ti trovi
2) remote add origin -> aggiunge il repository remoto nel tuo caso github
3) add -A -> aggiunge tutti i file (compreso le cartelle e sottocartelle) al "tracking" di git
4) commit -> scrive tutte le modifiche (ovviamente la prima volta scrive tutto) nel tuo repository locale
5) push origin -> invia tutti i commit fatti dopo l'ultimo push al repository remoto

Ovviamente la cosa diventa diciamo + user friendly se configuri git all'interno di eclipse, ma ovviamente sarebbe troppo lungo da spiegarlo in cosi poco spazio.