Se devi eseguire un controllo generico sui due valori presi assieme, puoi usare l'operatore ^ (XOR) che copre tutte le casistiche da te indicate, secondo questa tabella della verità:

A
 B
 A XOR B
0 0 0
0 1 1
1 0 1
1 1 0
Un esempio pratico:
codice:
<!DOCTYPE HTML>
<html>
  <head>
    <title>Esempio</title>
    <meta charset="utf-8">
    <script type="text/javascript">
      function controlloCampi(){
        var codice = form1.codice.value;
        var valore = form1.valore.value;
        if (codice != "" ^ valore > 0){
          alert('errore')
        } else {
          alert('tutto ok')
        }
      }
    </script>
  </head>
  <body>
    <form id="form1">
      codice <input id="codice">
      <br>valore <input id="valore">
      <br><br><input type="button" value="CONTROLLA" onclick="controlloCampi()">
    </form>
  </body>
</html>