Non so che dirti, e dire la verità c'ho capito poco, le uniche cose chiare (per me) sono:
- Progetto complesso
- Molta confusione nella tua testa (è normale quando sia ha poca esperienza)
- Poca conoscenza dei linguaggi (js) e framework (jquery)
Auguri

P.S. Menù touch Apple? Probabilmente si ma è solo un ipotese con conoscendo tutto il progetto e come è sviluppato.(per rendere l'idea potrebbe essere possibile in un progetto dedicato mobile (sito dedicato mobile) e non in un progetto responsive (adattabile a tutti i device pc, tablet, smartphone)