Ciao, è proprio come pensi. Quelle stesse regole sono applicate evidentemente ad altri elementi all'interno del sito, cioè nelle pagine che fanno riferimento a quello stesso css.

Puoi risolvere in vari modi. Dovrai comunque differenziare le regole con le modifiche da quelle con i valori "originari", in modo che sugli elementi interessati siano applicate le regole modificate e viceversa sugli altri elementi.

Puoi usare una diversa classe sugli elementi interessati.
Oppure puoi specificare in modo più mirato il selettore che determina tali regole.
Se invece si tratta di un file css esterno puoi specificare le "nuove" regole come css incluso nell'head della pagina. Questo dovrebbe "sovrascrivere" le regole che invece stanno nel file esterno.

Nel caso, puoi postare un link alla pagina/sito pubblico? Sarebbe più semplice aiutarti.