per quanto riguarda il tuo problema, non mi sembra di averlo mai riscontrato quando lo usavo.
vedo se riesco cerco di verificare da qualche linux virtualizzata che ha ancora monodvelop.

ma, personalmente ho lasciato perdere monodevelop.
anche se è un lavoro ammirevole, come hai detto te è alquanto buggato, e a me personalemte diede un sacco di problemi.
all'epoca alla fine abbandonai per python.