Ciao retegraf, l'unico modo che mi viene in mente e fornire ad almeno uno un bat di avvio che invochi il giusto jre per l'applicativo.
faccio un esempio se la java home e la variabile path punta al jre 7 allora farai un bat che lanci l'altra applicazione usando tutto il path per il jre 6.
un'altra soluzione potrebbe essere quella di fornire tutte e due gli applicativi di un bat che vada a settare le variabili di ambiente necessarie prima di avviare l'applicativo