secondo me hai ancora problemi di apici
codice:
LOAD DATA LOCAL INFILE '".$file."' 
INTO TABLE `prova` 
FIELDS TERMINATED BY ';' 
ENCLOSED BY '\"' 
ESCAPED BY '\''  <== ho spostato il backslash prima dell'apice
LINES TERMINATED BY '\r\n' (`nome`, `cognome`) <== forse c'era un apice di troppo prima di \r