sono sistemi a moduli e plugin anche molto strutturati (magento soprattutto) proprio per permettere la customizzazione. Una grossa societa di crm, ad esempio, ha usato magento per il discorso ecommerce associato al suo applicativo. se le modifiche sono corrette, non perdi nulla. fare tutto a mano ti espone ancora di piu ai rischi che dici (certo, non usando un sistema che tutti i malintenzionati del mondo conoscono alla perfezione potrebbe essre un vantaggio iniziale...)