Secondo me non ne esci.

Puoi provarle un po' tutte, ma non sarà mai la soluzione definitiva, non ti salvi nemmeno con il rename (dato che a seconda del SO potresti persino rinominare con successo il file).

Se non ho capito male hai una gui dove mostri il pdf, quindi una sorta di Viewer.
Puoi sfruttare lo stato dell'istanza del pdf data dalla tua gui ed usare quella come riferimento per decidere se è possibile o meno aggiornare il file.

Ovviamente qualche check lo fai tipo l' if exists, che è d'obbligo, x assicurarsi che nell arco temporale dell'esecuzione del tuo programma il file non sia stato vaporizzato, ma più così non puoi fare IMHO.