Onestamente non mi risulta, anzi è esattamente il contrario.
L'emulazione è fatta apposta, e non è un caso che la maggior pare di modelli usi l'interfaccia USB.
Perché mai dovrebbe essere un problema?
L'emulazione di tastiera serve per determinate azioni,in cui l'operatore viene agevolato dal fatto che può leggere, ed inserire in un form, una serie di barcode a ripetizione senza toccare altro.
Se non è quello che ti serve, allora devi riconfigurare il lettore, ma in tal caso se il lettore è USB, dovresti installare/configurare affinché possa essere utilizzato come porta COM, sulla quale però poi devi fare lo scan continuo per acquisire i dati, con tutti i problemi di sviluppo che ne derivano.