Premessa: le operazioni di scrittura e poi di lettura non hanno nulla a che vedere col tuo problema. Se sei sicuro che il file venga creato correttamente e, soprattutto, che tutti gli stream di output sul file siano stati chiusi correttamente, il problema va ricercato nella parte di lettura.
Un unico appunto: usa System.getProperty("line.separator") per farti ritornare la corretta stringa da usare come separatore di riga... \n va bene per i sistemi Linux/Unix, non per Windows.


Appurato che la scrittura va a buon fine, quello che c'è da controllare è la lettura e lo split.

Più approfonditamente: fatti stampare a video la riga letta prima di splittarla.

Eventualmente, posta il codice che effettua la lettura e lo split.


Ciao.