Ciao e grazie per la risposta,
allora per il suggerimento di schumy2000 non ho usato i \n ma
codice:
try {
            buffWriter.newLine();
            buffWriter.flush();
        } catch (IOException e) {
            logger.info("\nErrore " + e);
        }
Per quanto riguarda il file, lo creo così, lo scrivo richiamando i metodi in searchFile


codice:
outputFile = new File(pathFinale);
        outputFW = new FileWriter(outputFile);
        buffWriter = new BufferedWriter(outputFW);
        searchFile(dir, estensione);
        buffWriter.close();

        docXml = new DocumentoXML();
        docXml.creaDocumento(outputFile, pathXml);
e vorrei leggerlo in questo modo, assegnando di volta in volta il valore di ogni singolo token ad un elemento presente nell'XML

codice:
try {
            in = new BufferedReader(new FileReader(outputFile));
        } catch (FileNotFoundException e) {
            logger.info("\n Il file non è stato trovato " + e);
        }

        try {
            while ((singolaRiga = in.readLine()) != null) {
                elemento = new Elemento();
                assegnaValori(singolaRiga, elemento);
            }
        } catch (IOException e) {
            logger.info("\n Errori nella lettura del file");
        }

dove il metodo assegnaValori è il seguente:

codice:
public void assegnaValori(String riga, Elemento elemento) {

        String[] leggiRiga = riga.split(",");
        int numeroTokenRiga = leggiRiga.length;

       elemento.setNomePackage(leggiRiga[0]);
       elemento.setTipoInterfaccia(leggiRiga[1]);
       elemento.setNomeClasse(leggiRiga[2]);
        for (int i = 3; i < numeroTokenRiga; i += 2) {
            elemento.setModificatoreMetodo(leggiRiga[i]);
            elemento.setNomeMetodo(leggiRiga[i + 1]);
        }
        }
        documento.getListaElementi().add(elemento);
    }
Adesso non so bene dove sbaglio, ma si preciso so che fino al 5 token legge tutto correttamente, dal sesto ricomincia con la numerazione a partire da zero, e come se le stringhe fossero sulla stessa riga ma facessero parte di una nuova riga, non so se mi sono spiegata.
Grazie