Non vedo nulla di strano se il checkbox nn viene selezionato non entra nel post e di conseguenza avrai un array di 2 valori.
Cioè la domanda qual'è?
Posta magari come componi sql, magari posso capire di più.
Il fatto che venga cancellato (presumo il record) mi pare strano senza una delete.
id è autoincrement?