Il CLOSED_OPTION non c'entra niente (e nemmeno JOptionPane di per sé). È solamente questione di "logica" ....
Una soluzione banale? Tieni una lista di String in cui man mano inserisci la stringa "The radiation .... not present" quando quel mese non è presente. Alla fine, se la lista non è vuota (=ci sono stati file mancanti) fai vedere 1 solo warning message sfruttando il fatto che nel 'message' puoi passare un String[] (non un List<String> occhio) per avere le scritte una per linea.
Ma puoi farlo in mille altri modi ...![]()