Tecnicamente/teoricamente si potrebbe anche arrivare a farlo ma in realtà ..... NON dovresti. Tra l'altro le "risorse" (come intese dai getResource/getResourceAsStream) sono solamente "read-only", a sola lettura. Non c'è modo diretto per scrivere sulle risorse.
Se vuoi gestire/salvare delle "preferenze" o configurazioni, ci sono diversi altri modi, come minimo:
- file di properties (possibilmente in locazioni "note", es. sotto la "home" directory dell'utente).
- la Preference API (package java.util.prefs disponibile da Java 1.4).


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