Vi ringrazio per le risposte, alla fine ho risolto così:

1. Tramite LibreOffice creo il file con i campi editabili (assegnandogli dei nomi precisi) e lo esporto in pdf

2. Attraverso il comando "pdftk MIO_FILE.pdf dump_data_fields > CAMPI_FILE.txt" genero un file dove vengono scritti i nomi dei campi editabili di cui sopra

3. Tramite script php leggo i nomi di questi campi e creo una form che l'utente dovrà riempire

4. Leggo i dati da questa form e attraverso un altro script creo un file .fdf secondo il formato .fdf predefinito

5. Infine attraverso il comando "pdftk MIO_FILE.pdf fill_form DATI.fdf output RISULTATO.pdf flatten" effettuo il merge del template con i campi editabili e il file con i valori da assegnare ai campi, generando quindi il pdf compilato.