Mi rispondo nuovamente da solo, nella speranza di essere utile a qualcuno in futuro. Questa è la procedura che ho effettuato.
Come file .zip ho scaricato php-java-bridge_6.2.1_documentation.zip da cui prendo i vari moduli, utilizzo XAMPP.
1. Nella cartella .../xampp/tomcat/webapps inserire il file JavaBridge.war
2. Avviare Tomcat, attendere l'avvio, ad avvio completato sarà creata la cartella JavaBridge in webapps
3. In tomcat/lib inserire il .jar di cui si vogliono utilizzare le classi
4. In php/pear inserire la cartella java presente in documentation/src