Per i formati standard interpretabili dal browser non ci sono problemi, tipo pdf immagini, txt.... Per gli altri formati... invece diventa veramente complesso... sinceramente non ne ho idea soprattutto se parliamo di estensioni autocad.
Il fatto di caricare il file all'interno del db (presumo in un campo blob) non è proprio la miglior soluzione.
Il livello di sicurezza lo ottieni non dando il permesso di lettura all'utente che esegue il web server la cartella dove inserisci i tuoi file.
In seguito creare uno script php "ManagerDownload" che gestisce lui i download rendendo disponibile il file all'utente solo e quando lo dici tu.