PHP è un linguaggio che non ti permette di apportare ulteriori modifiche alla pagina dopo che è stata elaborata. Per fare quello che dici tu innanzitutto dovresti usare JavaScript o JQuery, con un ciclo continuo di controllo messaggi (per esempio ogni 10 secondi).
Puoi farlo anche in PHP il controllo ma dovresti comunque mettere un auto-refresh della pagina e comunque il messaggio di alert sarà scritto sempre in JavaScript.