Beh, se dichiari di usare
$header .= "Content-type: text/html; charset=iso-8859-1\r\n";

che è il latin e poi usi UFT8 per il file, ovvio che non funziona.
Magari non ti risolve il problema, ma almeno fa che i charset siano tutti coerenti, se vuoi mantenere il latin per il content-type, salva in latin anche il file.