prova se funziona una cosa tipo questa
codice:
DELETE registrazione_eve.*, board_lavori.*
    FROM registrazione_eve 
        INNER JOIN board_lavori 
            ON registrazione_eve.idregistrazione = board_lavori.idregistrazione
        INNER JOIN evento 
            ON registrazione_eve.idevento = evento.idevento
    WHERE registrazione_eve.data < (NOW() - INTERVAL 3 MONTH) 
        AND evento.idevento IN (1, 2)
la parte di join ti conviene testarla prima con una SELECT