Eh ... ma è appunto dovuto al posizionamento assoluto. In questo caso infatti è tutto a tuo carico. Hai es. un JTable (più che JTable, è il JScrollPane che lo contiene!) che è un buon candidato a cui dare una altezza "dinamicamente" in base allo spazio disponibile? Bene, allora se hai componenti sotto il JScrollPane/JTable spetta a te spostarli!
Quello che posso dirti (e ripeterti ... l'ho già detto prima): setLocationRelativeTo(null) va fatto DOPO aver causato il calcolo delle dimensioni fisiche.