Google dice che non cambia nulla... ma ormai sono abituato a non fidarmi di Matt Cutts
Personalmente secondo la mia esperienza ed i miei studi dico che i domini di secondo livello sono assolutamente penalizzati in ottica SEO.
Leggi questo articolo (ognuno ne dice una) e comunque mettiti l'anima in pace perché non troverai mai la soluzione al 100% al tuo quesito.
Questa è solo la mia personale idea...