Premessa:
- l'estensione .org è un dominio di primo livello
- Altervista è un dominio di secondo livello
- il sottodominio ospitato da Altervista è di terzo livello
- l'esperienza utente condiziona i risultati SEO e pertanto non sono due elementi scollegati!


Comunque, a parte l'influenza della reputazione del dominio che ti ospita (che può essere positiva o negativa), non mi risulta che ci siano altri fattori influenzanti a livello SEO. Google può dire anche che non c'è nessuna influenza, ma io non ci credo, per esperienza personale.


Vorrei precisare che l'articolo citato da M1keOne parla dello spostamento di una parte dei contenuti dal dominio principale a un sottodominio.
Altra cosa invece è pubblicare tutto il sito su un sottodominio, per esempio spostare interamente il sito da www.202.fm a radio.202.fm ...io ho fatto una prova del genere e non ho registrato alcun cambiamento nel posizionamento.