Se a qualcuno interessa ho risolto settando la chiave solo per l'utente corrente, così non mi servono privilegi di amministrazione, il codice per settare la chiave è:
codice:
    Private Sub SettaChiaveWebBrowser()
        Dim appName As String = System.IO.Path.GetFileName(Process.GetCurrentProcess().MainModule.FileName)
        Using key = Registry.CurrentUser.CreateSubKey("Software\Microsoft\Internet Explorer\Main\FeatureControl\FEATURE_BROWSER_EMULATION", RegistryKeyPermissionCheck.ReadWriteSubTree)
            key.SetValue(appName, CType(9999, UInt32), RegistryValueKind.DWord)
        End Using
    End Sub
PS: Dovete importare Microsoft.Win32