Prima di mandare la mail salvi un valore casuale in una tabella che abbia un legame con l'utente.

Esempio di struttura :
id_utente, valore casuale(string), utente_confermato (boolean) settato a false.

Ti consiglio un valore di cui puoi controllare facilmente il formato tramite regexp. Esempio : azes-dfct-rtfh-fygu-yuhj-erdf-fghp. Ma puoi farlo più lungo.

Nella mail metti il link : http://www.miosito.it/pippo.php?k=az...yuhj-erdf-fghp

Ti crei uno script php pippo.php. Controlli che il valore k rispecchi il formato che hai scelto e se il formato è ok fai un update della tabella a partire dal valore di k settando utente_confermato a true.