Penso che il metodo migliore sia avere un'unica index.html, ovvero quella principale da dove parte il sito e gestire il resto delle pagine con un nome a parte ad esempio, la pagina della galleria sarà galleria.html ecc...

Io ad esempio creo una cartella generale con l'index e poi inserirò una cartella per i css, una per i js, una con le varie pagine del sito, una con le immagini ecc...

Per fare i collegamenti alle varie pagine nel codiceti consiglio di usare il link assoluto, quindi ogni "href" sarà "../pagine/galleria.html" oppure "../css/style.css", in modo che parte dalla cartella principale del sito e scrivi il percorso corretto, evitando così eventuali errori di posizionamento.

Spero di esserti stato utile
WottaFacca