Ti serve questa classe per manipolare le immagini :

http://php.net/manual/en/book.image.php

il problema che le puoi manipolare in qualsiasi modo, ma se non mantieni le proporzioni purtroppo la distorci..

In alternativa devi prima utilizzare questa funzione della stessa libreria.

http://php.net/manual/en/function.imagecopyresized.php

In sostanza copi una porzione dell'immagine e poi gli fai il resize.

Ipotesi :
La tua immagine è di 120x100
Ritagli l'immagine in 100x100
Poi fai il resize a 50x50.