Ci saranno dei percorsi che non modifichi e quindi la pagina non trova il collegamento.

Se vuoi tenere l'index in una cartella, ti consiglio di usare SEMPRE i percorsi assoluti per fare i collegamenti delle varie pagine.

quindi ti basta fare in questo modo: "../cartella/nomefile" per ogni collegamento con i vari file, in questo modo sei sicuro che il collegamento punterà nella pagina corretta.

Spero di esserti stato utile