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con StringBuilder s =new StringBuilder() ==> creo una nuova stringa s;
Non nel senso di String (java.lang.String). StringBuilder (insieme a StringBuffer) è semplicemente un "costruttore" di stringhe. Rappresenta una sequenza "mutabile" di caratteri. Al contrario di String che invece è immutabile.

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con s.append cambio la stringa;
Sì, e ci sono svariati altri metodi per mutare la sequenza di caratteri rappresentata nel StringBuilder/StringBuffer.

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e alla fine quando dichiaro s.ToString(); ==> mi riferisco al classico ToString() delle API java e non ad un ToString particolare che posso aver implementato in precedenza. perchè questo?
Non ho ben capito il tuo dubbio .... il toString() di StringBuilder è la ridefinizione (override) del toString() di Object. Ovviamente la implementazione in StringBuilder è fatta per restituire un String "finale" con la sequenza di caratteri rappresentata da StringBuilder in quel preciso momento.


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il seguente metodo fa parte di una classe estesa e deve ritornare una determinata stringa.
Il codice che hai postato è semplicemente la composizione dinamica di una stringa basandosi sul risultato di tutti gli append fatti a fronte di cicli/condizioni e quant'altro.