Sì, si può fare.
Posto un esempio dimostrativo completo. Vedi tu come meglio adeguarlo al tuo caso.
codice:
<!DOCTYPE HTML>
<html>
  <head>
    <title>Esempio</title>
    <meta charset="utf-8">
    <script type="text/javascript">
      function formattaValore(){
        risultato.value = parseFloat(Math.round(campo.value.replace(/,/g,".").replace(/\.(?=\d+)(?!\d*\s*$)/g,"")*100)/100).toFixed(2);
      }
    </script>
  </head>
  <body>
    <label>Inserisci un numero <input id="campo" onBlur="formattaValore()" onInput="formattaValore()" placeholder="es: 123.456,78"></label>
    <br><label>Risultato formattato <input id="risultato" readonly disabled></label>
  </body>
</html>